\tImmaginate di dover noleggiare un\u2019automobile scegliendola da un catalogo online che vi fornisce per\u00f2 soltanto le foto delle macchine. Niente nomi di modelli o marche, niente scheda tecnica. Voi per\u00f2 avete delle esigenze specifiche: vi serve un\u2019auto robusta, adatta a terreni sterrati e a forti pendenze. Per capire quale sia l\u2019auto pi\u00f9 adatta farete dunque delle assunzioni, creerete cio\u00e8, nella vostra testa, il modello ipotetico dei veicolo, basandovi sul suo aspetto e sulle vostre conoscenze pregresse in fatto di automobili. Il modello ipotizzato vi dir\u00e0 se l\u2019immagine che vedete corrisponde a un\u2019utilitaria da usare in citt\u00e0, una macchina sportiva \u00a0o un fuoristrada, e su questo baserete infine la vostra scelta. Sar\u00e0 l\u2019esperienza poi, nel momento in cui poggerete le mani sul volante, a darvi una valutazione di quanto le vostre ipotesi fossero giuste o sbagliate.<\/p>\n
\tUn\u2019operazione molto simile a questa fanno gli scienziati che come Giovanni Bussi<\/strong>, professore della SISSA di Trieste, studiano la dinamica molecolare dell\u2019RNA. \u201cStudiamo l\u2019RNA attraverso le simulazioni al computer. Partiamo dalla struttura della molecola, che viene descritta in maniera precisa dagli sperimentali, che \u00e8 un po\u2019 come\u00a0 la foto dell\u2019automobile nell\u2019esempio precedente\u201d, spiega Bussi. \u201cLa struttura, essendo frutto di osservazioni sperimentali \u00e8 con buona approssimazione veridica. Il problema sorge invece con i modelli fisici\u201d.<\/p>\n \t\u00c8 un po\u2019 come avere in mano un modellino tridimensionale di una molecola: per poterci fare degli esperimenti, seppur virtuali (con le simulazioni), \u00e8 necessario conoscere come le diverse parti che costituiscono la molecola si muovono fra loro, come interagiscono, come la struttura si pu\u00f2 deformare. Queste informazioni sono il cosiddetto \u201cmodello fisico\u201d. \u201cIl problema \u00e8 che in questo caso le assunzioni contenute nel modello sono spesso frutto di ipotesi non sempre verificate, o facilmente verificabili\u201d, spiega Bussi. \u201cC\u2019\u00e8 un grosso rischio che il modello alla fine risulti sbagliato, cio\u00e8 che non descriva correttamente il comportamento della molecola, con il risultato che poi rischiamo di poter fare poco affidamento sui risultati delle ricerche basate sulle simulazioni\u201d.<\/p>\n \tLa dinamica molecolare viene utilizzata per altri tipi di molecole, non solo l\u2019RNA. \u201cPer esempio, per quel che riguarda le proteine \u00e8 stato fatto un enorme lavoro di validazione dei modelli fisici da parte del gruppo di David Shaw, fondatore dell\u2019azienda hi-tech D. E. Shaw & Co, che ha permesso di fare una gran pulizia nel campo\u201d. \tTutto da rifare? \u201cNon sarei cosi drastico. Non si tratta di distruggere tutto quello che si \u00e8 fatto finora, piuttosto si deve lavorare al miglioramento dei modelli attuali. Il nostro metodo ha infatti anche il pregio di dire dove e di quanto il modello sbaglia, cos\u00ec da offrire soluzioni per migliorarlo\u201d.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Nuova ricerca della SISSA<\/p>\n","protected":false},"author":28,"featured_media":20531,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"dwc-title":[],"dwc-content":[],"footnotes":""},"categories":[6],"tags":[],"class_list":["post-20530","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-societa"],"rttpg_featured_image_url":{"full":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",750,528,false],"landscape":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",750,528,false],"portraits":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",750,528,false],"thumbnail":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1-150x150.webp",150,150,true],"medium":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1-300x211.webp",300,211,true],"large":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",640,451,false],"thumblist":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",300,211,false],"thumbrelated":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",500,352,false],"meccarouselthumb":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",460,324,false],"gridsquare":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",369,260,false],"tileview":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",300,211,false],"1536x1536":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",750,528,false],"2048x2048":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",750,528,false],"newsup-slider-full":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",750,528,false],"newsup-featured":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",750,528,false],"newsup-medium":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1-720x380.webp",720,380,true],"tptn_thumbnail":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1.webp",250,176,false],"sow-carousel-default":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/15975-1-272x182.webp",272,182,true]},"rttpg_author":{"display_name":"redazione","author_link":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/author\/redazione\/"},"rttpg_comment":0,"rttpg_category":"SOCIET\u00c0<\/a>","rttpg_excerpt":"Nuova ricerca della SISSA","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/20530","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/users\/28"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=20530"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/20530\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/media\/20531"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=20530"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=20530"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=20530"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}
\tIl problema \u00e8 che per un lavoro del genere serve molto tempo e computer potentissimi e dedicati, poich\u00e9 si va a guardare in maniera pedissequa ogni singolo modello sviluppandolo e testandolo nella sua completezza. Si parla di mesi e mesi di tempo di calcolo. \u201cPer l\u2019RNA purtroppo non esistono dati a riguardo\u201d, puntualizza Bussi. Per questo motivo lo scienziato e il suo gruppo hanno cercato una soluzione praticabile, mettendo a punto una metodologia \u201cfurba\u201d per la validazione dei modelli di RNA.
\t\u201cNon facciamo un\u2019analisi estensiva come quella fatta da Shaw per le proteine, ma adottiamo delle strategie che riducono la complessit\u00e0 e i tempi di calcolo, preservando per\u00f2 una buona precisione nei risultati\u201d. E come escono da quest\u2019analisi gli attuali modelli fisici dell\u2019RNA? \u201cNon bene purtroppo. Il modello che abbiamo esaminato, che secondo test fatti da altri dovrebbe essere uno dei migliori in circolazione, non permette di fare predizioni corrette quando si cerca di predire la struttura di una molecola di RNA\u201d.<\/p>\n