{"id":19588,"date":"2016-04-18T00:00:00","date_gmt":"2016-04-17T23:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/imagazine.it\/?p=19588"},"modified":"2016-04-18T00:00:00","modified_gmt":"2016-04-17T23:00:00","slug":"rna-in-stop-motion","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/rna-in-stop-motion\/","title":{"rendered":"RNA in stop-motion"},"content":{"rendered":"<p style=\"text-align: justify;\" class=\"ui-droppable\"> \tSiete un animatore (di quelli che fanno i cartoni animati, non quelli dei villaggi turistici) che lavora in\u00a0<em>stop-motion<\/em>. Questa tecnica consiste nel mettere pazientemente in fila tantissime fotografie di un soggetto mentre questo cambia leggermente posizione in ogni immagine, in modo da creare una sequenza coerente e continua di fotogrammi. Per chi lo conosce, <em>Pingu<\/em>, il pinguino birichino e intraprendente, \u00e8 un esempio di stop-motion. In questo caso specifico per\u00f2 non avete a disposizione dei pupazzetti di plastilina, ma un enorme database di immagini generiche, sullo stile di <em>Flickr<\/em>. Dovete creare l\u2019animazione di un semplice sorriso, dal momento in cui la bocca \u00e8 in posizione neutra a quando l\u2019espressione raggiunge il suo massimo. Dal database estraete tutte le possibili immagini che contengano un viso umano e da queste isolate la bocca. Il fatto che ogni fotogramma appartenga al ritratto di una persona diversa render\u00e0 ancora pi\u00f9 creativa la vostra animazione. Non vi resta che mettere le foto in ordine per creare la sequenza giusta, un lavoro tanto pi\u00f9 lungo e certosino quanti pi\u00f9 fotogrammi volete nella vostra animazione.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\" class=\"ui-droppable\"> \tE se esistesse un programma in grado di ordinarli automaticamente per \u201csomiglianza\u201d? C\u2019\u00e8 chi questo lavoro lo ha fatto davvero, anche se invece di un sorriso e Flickr ha usato l\u2019RNA e un enorme database internazionale di immagini cristallografiche, il <em>Protein Data Bank<\/em> (PDB).<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\" class=\"ui-droppable\"> \t<strong>Giovanni Bussi<\/strong>, professore della SISSA, e colleghi studiano la dinamica molecolare dell\u2019RNA, e cio\u00e8 il modo in cui questa molecola assume diverse forme nello spazio tridimensionale. L\u2019RNA \u00e8 una molecola formata da una lunga catena di nucleotidi (in realt\u00e0, come per il DNA si trova speso nella forma di una doppia elica di filamenti appaiati), importantissima in molti processi cellulari,\u00a0specie nella trascrizione genica, ma non solo. L\u2019RNA si trova in tantissime conformazioni, con dimensioni e funzioni variabili. Alcune strutture tipiche e ricorrenti hanno particolare importanza, e per questo gli scienziati le studiano, cercando anche di capire come si passa da una forma a un\u2019altra. Una struttura importante sono i\u00a0<em>tetraloop<\/em>, dei pezzetti di RNA formati da 4 nucleotidi ripiegati in una sorta di asola. Bussi, che ha coordinato il lavoro del primo autore, <strong>Sandro Bottaro<\/strong>, ricercatore SISSA, e di <strong>Alejandro Gil-Ley<\/strong>, studente della SISSA, hanno deciso di adottare una tecnica davvero ingegnosa, basata su una sorta di stop-motion molecolare.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\" class=\"ui-droppable\"> \t\u201cSolitamente lavoriamo con le simulazioni al computer, ma in questo caso siamo partiti dai dati sperimentali, per avere un\u2019immagine reale della molecola\u201d, spiega Bussi. \u201cAbbiamo perci\u00f2 rovistato nel PDB, che contiene le immagini cristallografiche di un grandissimo numero di proteine. Un\u2019immagine cristallografica \u00e8 una sorta di fotografia in 3D della proteina\u201d. All\u2019interno di questo immenso database Bussi e colleghi sono andati a cercare le immagini dell\u2019RNA e in particolare quelle di alcune sequenze specifiche, formate da solo 4 nucleotidi. \u201cIn generale le \u2018fotografie\u2019 ritraggono una proteina molto pi\u00f9 grande\u201d (un po\u2019 come nel caso del sorriso, che in genere \u00e8 parte di un ritratto pi\u00f9 ampio), spiega Bottaro. \u201cUna volta isolate tutte le nostre fotografie restava per\u00f2 il problema di metterle in ordine\u201d. Bussi e colleghi per\u00f2 hanno un asso nella manica \u201cQualche tempo fa abbiamo messo a punto un software in grado di fornire la stima della somiglianza fra una conformazione di RNA e un\u2019altra\u201d puntualizza Bussi. Il risultato di questo lavoro era stato pubblicato un lavoro precedente. \u201cProprio grazie a questo programma abbiamo potuto ordinare le immagini in sequenze coerenti\u201d.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\" class=\"ui-droppable\"> \tI ricercatori hanno cos\u00ec ottenuto delle animazioni che mostrano la transizione dei filamenti da una conformazione \u201cdistesa\u201d al tetraloop. \u201cLa cosa importante \u00e8 che l\u2019abbiamo fatto con immagini di conformazioni osservate, quindi reali e possibili\u201d, conclude Bussi. La tecnica naturalmente \u00e8 \u201corizzontale\u201d, nel senso che pu\u00f2 essere applicata a diverse altre strutture dell\u2019RNA, ma anche ad altre proteine e molecole, a patto di avere un database cristallografico consistente.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Nuova tecnica degli scienziati SISSA<\/p>\n","protected":false},"author":28,"featured_media":19589,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"dwc-title":[],"dwc-content":[],"footnotes":""},"categories":[6],"tags":[],"class_list":["post-19588","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-societa"],"rttpg_featured_image_url":{"full":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",750,431,false],"landscape":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",750,431,false],"portraits":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",750,431,false],"thumbnail":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1-150x150.webp",150,150,true],"medium":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1-300x172.webp",300,172,true],"large":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",640,368,false],"thumblist":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",300,172,false],"thumbrelated":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",500,287,false],"meccarouselthumb":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",474,272,false],"gridsquare":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",391,225,false],"tileview":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",300,172,false],"1536x1536":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",750,431,false],"2048x2048":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",750,431,false],"newsup-slider-full":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",750,431,false],"newsup-featured":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",750,431,false],"newsup-medium":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1-720x380.webp",720,380,true],"tptn_thumbnail":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1.webp",250,144,false],"sow-carousel-default":["https:\/\/imagazine.it\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/13824-1-272x182.webp",272,182,true]},"rttpg_author":{"display_name":"redazione","author_link":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/author\/redazione\/"},"rttpg_comment":0,"rttpg_category":"<a href=\"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/category\/societa\/\" rel=\"category tag\">SOCIET\u00c0<\/a>","rttpg_excerpt":"Nuova tecnica degli scienziati SISSA","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/19588","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/users\/28"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=19588"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/19588\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/media\/19589"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=19588"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=19588"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/imagazine.it\/home_desk\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=19588"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}